如果你在职期间发现公司已经注销，你可以采取以下步骤来处理这种情况：

1. 确认注销信息：确认公司是否真的已经注销。你可以通过公司的官方网站、政府的企业信息查询平台或者工商局进行核实。

2. 与上级或人力资源部门沟通：如果确认公司已经注销，尽快与你的上级或人力资源部门沟通，询问相关情况和后续处理方案。

3. 咨询法律意见：这种情况下，你的劳动权益可能会受到影响，例如工资、社保、公积金等。建议咨询法律专业人士，如劳动律师、工会或劳动仲裁机构，以了解你的权益和可以采取的法律行动。

4. 保留证据：保存有关你在公司工作的所有文件和记录，包括劳动合同、工资单、社保缴纳记录等。这些都是保护你合法权益的重要证据。

5. 申请劳动仲裁：如果公司在未结清工资、补偿等情况下注销，你可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司支付欠款及其他补偿。

6. 申请失业保险：如果你因此失业，根据国家和地方的相关规定，你可能有资格申请失业保险。

7. 了解再就业机会：尽快开始寻找新的工作机会，并且参加职业培训或再教育，以提升就业能力。

注销公司的行为对员工的影响是很大的，应尽早采取行动保护自己的权利。